सहकार,पणन व वस्त्रोद्योग विभागाच्या अंतर्गत पणन विभागाचा समावेश असून मा.अपर मुख्य सचिव श्री.सुधीरकुमार गोयल हे पणन विभागाचे विभागप्रमुख आहेत. राज्यातील शेतीमालाच्या विक्री करीता आवश्यक त्या पायाभूत सुविधा उपलब्ध करुन देणे आणि शेतीमालास योग्य भाव मिळवून देणे हे प्रमुख उद्दिष्ट आहे. नवीन कृषि उत्पन्न बाजार समित्यांची निर्मिती करणे, त्यांचे विभाजन करणे, कृषि उत्पन्न बाजार समित्यांना गोदामे, रस्ते, लिलावगृह, शितगृह, लिलाव ओटे या करिता अनुदान देणे ही पणन विभागाची प्रमुख कार्ये आहेत. विभागाचे वरील कार्ये पार पाडण्यासाठी पणन संचालनालय व महाराष्ट्र राज्य कृषि पणन मंडळाची निर्मिती करण्यात आलेली आहे.