पणन संचालनालय राज्यातील शेतक-यांनी उत्पादीत केलेल्या कृषी मालाच्या विपणन व्यवहारांचे नियंत्रण करते.महाराष्ट्र सहकारी संस्था अधिनियम,1960 अन्वये नोंदविण्यात आलेल्या पणन ,ग्राहक ,कृषी प्रक्रिया,खरेदी विक्री संघ,जिनींग व प्रेसिंग इत्यादी सहकारी संस्थांच्या संनियंत्रणाचे कामकाज संचालनालयाकडुन पार पाडले जाते. मुख्यत: सदर संचालनालय कृषी उत्पन्न बाजार समितीशी संबंधित व्यवहारांवर देखरेख व नियंत्रण ठेवते. जेणेकरुन कृषी उत्पन्न बाजार समिती मध्ये माल आणणा-या शेतक-यांना आपल्या मालाची वाजवी किंमत मिळते. शेतक-यांचे मध्यस्थांकडुन होणारे शोषण टाळण्यासाठी व त्यांच्या मालाला योग्य ती किंमत मिळण्यासाठी संचालनालय कार्य करते.अशा प्रकारे कृषी मालाच्या किंमतींचे नियंत्रण करण्याबरोबरच ग्राहकांना योग्य भावात शेतमाल मिळण्यासाठीही संचालनालय मदत करते.
शेतक-यांनी उत्पादीत केलेल्या कृषी मालाला योग्य किंमत मिळवुन देण्यासाठी, जागतिक स्तरावर स्पर्धात्मक पायाभूत सुविधांनी सुसज्ज असे संघटित विपणन जाळे विकसित करणेसाठी ,ग्राहकांना दर्जेदार कृषीमाल उपलब्ध करुन देण्यासाठी सर्वतोपरी प्रयत्न करणे.